כאבי צד הם בעיה שכמעט כל רץ מתחיל חווה. כאבי הצד נובעים מהסרעפת - שריר גדול שמהווה חלק בתהליך הנשימה. הסרעפת מתכווצת במהלך שאיפה בכדי להגדיל את נפח בית החזה שהריאות יוכלו להכניס יותר אוויר ונרפית בנשיפה כשהאוויר יוצא. הכאב יגיע אם תאכלו יותר מדי לפני ריצה או אם לא תתחממו, הכאב יכול לנבוע גם מכך שאוויר נכלא מתחת לסרעפת.